במרכז התהליך נמצא השעון הביולוגי, שמנהל מחזור של כ-24 שעות ומשפיע בין היתר על השינה, הערנות והפרשת הורמונים. אור וחושך הם מהגורמים המרכזיים שמכוונים אותו, אבל גם זמני השינה והקימה הקבועים שלנו עוזרים לגוף להבין מתי הגיע הזמן לישון ומתי להתעורר.
ההתעוררות עצמה גם לא מתחילה ברגע שבו אנחנו פוקחים את העיניים. לקראת הבוקר הגוף כבר מתחיל לעבור בהדרגה ממצב של שינה למצב של ערות. רמות הקורטיזול עולות סביב שעות הבוקר, ובחלק האחרון של הלילה יש פחות שינה עמוקה מאשר בתחילתו. במילים אחרות, הגוף לא עובר מ"שינה" ל"ערות" בלחיצת כפתור - הוא מתכונן לכך מראש.

וכאן הדברים נעשים מעניינים עוד יותר. מחקרים מצביעים על כך שעצם הציפייה להתעורר בשעה מסוימת יכולה להשפיע על התהליכים שמתרחשים בגוף לפני הקימה. אנשים מסוגלים לעיתים להתעורר באופן עצמאי סמוך לשעה שתכננו, ויש עדויות לכך שמערכות הקשורות לערנות ולהורמוני הבוקר משתנות בהתאם לציפייה לקימה. זה לא אומר שיש במוח שעון דיגיטלי שסופר דקות, אבל הוא בהחלט יודע לעבוד עם דפוסים קבועים.
זו גם אחת הסיבות לכך שהתופעה בולטת במיוחד כשיש לנו משהו חשוב בבוקר. טיסה מוקדמת, פגישה, מבחן או יום עבודה שאנחנו יודעים שאסור לאחר אליו יכולים לגרום לנו להתעורר רגע לפני הצלצול. המוח אינו "ישן" לחלוטין מהסביבה ומהציפיות שלנו, ומחקרים מצאו שהציפייה ליום תובעני יכולה להשפיע על תגובת הקורטיזול סביב ההתעוררות.
אבל זה לא קורה לכולם ולא בכל בוקר. כששעות השינה משתנות כל הזמן, כשיש חוסר שינה או כשאנחנו צריכים לקום הרבה יותר מוקדם מהרגיל, לשעון הביולוגי קשה יותר לנבא את שעת הקימה. לכן אם אתם מתעוררים שוב ושוב כמה דקות לפני השעון דווקא בשגרה קבועה, זה לא בהכרח צירוף מקרים - ייתכן שהגוף פשוט הקדים את האזעקה.