העלילה של ״ג׳אנגל קרוז״ מתחרשת בשנות השלושים של המאה העשרים, ובמרכזה, שלושה גיבורים: פרנק, קפטן הסירה, לילי, מדענית צעירה, ואחיה, מקגרגור. השלושה יוצאים יחד למסע מסוכן אל תוך עומקו של הג'ונגל הפראי, במהלכו עם מתמודדים מול חיות פרא, חוויות מסכנות חיים, ומשלחת גרמנית שנחושה להגיע לעץ בעל יכולות הריפוי, לפניהם.
כאמור, הסרט לקח השראה מהמתקן המוכר של דיסני, ובהתאם לכך, הוא פרוע ומבדר במיוחד. הגיבור, פרנק, מסיע תיירים בסירה שלו לפרנסתו, בלב נהר האמזונס, עד שהוא פוגש את לילי המדענית, אשר נחושה למצוא את עץ החיים, אשר מסתתר על פי השמועה, בלב הג'ונגל.
האגדה מספרת שעלה אחד של העץ יכול לרפא כל מחלה אפשרית, וכך השניים, יחד עם אחיה ש לילי יוצאים למסע. רגע לפני, האח של לילי, מציג את התיאוריה אודות העץ בפני אגודת המדענים במקום, אשר מקבלים את המידע בבוז וציניות.
הפער בין לילי לאחיה, משחק תפקיד לא קטן במהלך הסרט. כאשר לילי היא הגברית, האמיצה, הפראית, ואילו אחיה הוא הנשי, העדין, זה שלא מצליח להסתגל לתנאי הג׳ונגל והשטח. כמו כן, סיפור הרקע אודות העץ מבוסס על גבר ספרדי בשם לופה דה אגירה, אשר חיפש עיר זהב בג'ונגל של פרו.
השלושה מקווים למצוא את העץ באמצעות מפה וחץ ארכיאולוגי מיוחד, אשר כך הם מקווים, אמור להוביל אותם ישירות אל העץ. אך תוך זמן קצר, המסע משתבש והופך מאתגר יותר מכפי שחשבו. לאחר כמה ימים של מסע, גרמני בעל מטרה דומה, רודף אותם בכוונה למצוא את העץ קודם.
הסרט עשיר בלוקיישנים מהפנטים, טבע פראי, וחיות מיוחדות, ובכל זאת, קשה להתעלם מעבודת המחשב המסיבית שנעשתה כאן. בהחלט היה אפשר להוריד מעט את הרגל מהגז בנושא הזה. ובכל זאת, ״ג׳אנגל קרוז״ מצליח להיות אותנטי ומהנה לצפייה.