יוגורט שמכיל חיידקים טובים ואמור לשפר את תהליכי העיכול ובריאות המעיים, עלול להיות בזבוז של כסף. כך עולה ממחקר מקיף שבחן את הנושא לעומק.
לפי המחקר, יש אנשים בעלי עמידות לפרוביוטיקה, אשר לכאורה מסייעת לאנטיביוטיקה, כך שיוגורט פרוביוטי עובר ישר דרך המעיים שלהם ולא מסייע בתהליכי העיכול כלל. במקרים אחרים, החיידקים הידידותיים במוצרים, כגון יוגורט פרוביוטי, עלולים לגרום לנזק יותר מאשר להועיל. המיתוג של יוגורט כפרוביוטי הוצא אל מחוץ לחוק באיחוד האירופי בשנת 2012, לאחר שהוכח במסגרת תביעה שהוא אינו בריא. עם זאת, בתעשייה ממשיכים לערער על האיסור.
בניסויים האחרונים שנערכו, נמצא כי מוצרים המכילים חיידקים ידידותיים לא מסייעים לכולם. סקירות מעיים של מספר מתנדבים, שצרכו מוצרי מזון פרוביוטיים במשך חודשיים, לא העלו כל סימן מההשפעה שהיתה אמורה להיות למוצרים על המעיים.
על פי מכון ויצמן למדע בישראל, הפרוביוטיקה לא יכולה לייצר מושבות של חיידקים טובים במעיים של מי שצורך אותה. הפרוביוטיקה שבמוצרי מזון מגיעה כמנה אחת מסוימת שאמורה להשלים את הצורך המשתנה של הצרכנים השונים. מחקר נוסף הראה כי למעיים נדרש זמן על מנת לשוב לסביבה החיידקית הטבעית שלהם, אצל אדם שנטל אנטיביוטיקה עם פרוביוטיקה.