אכילת שוקולד כהה מעודדת יתרונות בריאותיים מסוימים. שוקולד שמכיל בין 75 ל-90 אחוז קקאו אמנם בריא יותר משוקולד שמכיל אחוזי קקאו נמוכים יותר. עם זאת, הוא יכיל כמות גבוהה של שומן רווי. השאלה היא, האם השומן הרווי שבשוקולד מזיק כמו השומן שמכיל בשר?
השומן שבשוקולד אינו מזיק כמו השומן שמכיל בשר. הוא מגיע מחמאת קקאו ועשוי מחלקים שווים של חומצה אולאית, משומן בלתי רווי שאפשר למצוא בשמן זית ומחומצות סטריות ופלמיטיות. האחרונות הן צורות של שומן רווי, שנמצאו קשורות במחלות לב. עם זאת, חומצה סטרית לא גורמת לעליה בכולסטרול ושומן פלמיטי מהווה רק שליש מכמות השומן שמכיל שוקולד.
פולי הקקאו עשירים גם בפלבנואידים. אלה הם חומרים מזינים, שנמצאים בפירות ובירקות רבים, ומגינים על צמחים מרעלים, וכנוגדי חמצון הם מתקנים נזקים שנגרמים כתוצאה מאור השמש ומרדיקלים חופשיים. הפלבנואידים שבקקאו ובשוקולד נקראים פלבונולים והם עשויים להוריד את לחץ הדם, לשפר את זרימת הדם למוח וללב ולהפוך את טסיות הדם לקלות יותר. שלא בדומה לשוקולד כהה, לשוקולד חלב יש מעט מהם, בעיקר לאחר העיבוד.
מחקר שנערך בנושא צריכת שוקולד מצא, כי אנשים מבוגרים שצרכו משקה עשיר בפלבנואידים של קקאו במשך שלושה חודשים, הצליחו להגיע לציונים טובים יותר במבחני זיכרון, בהשוואה לאנשים ששתו משקה ובו כמות נמוכה של פלבנואידים.
למרות היתרונות האמורים, לא מומלץ לחשוב ששוקולד הוא מזון בריאות. היתרונות שבו נמצאים גם במזונות אחרים מן הצומח, אך לעומתם בשוקולד יש הרבה קלוריות. בהמשך לכך, ההמלצה היא לאכול כמות קטנה עד בינונית של שוקולד.