ידוע כי אנטיביוטיקה לא מיועדת לטיפול בווירוסים, אך האם יש שלב בו כדאי ליטול את התרופה בכל זאת? כל עוד לא מתעלמים מהאזהרות של המומחים הרפואיים בנוגע להבדל בין מחלות חיידקיות ולבין מחלות ויראליות, לזיהומים רבים יש מאפיינים שיכולים לעזור להחליט מתי טיפול אנטיביוטי יכול להתאים. 
לחולים עם דלקת ברונכיטיס וקצב לב גבוה ממאה פעימות לדקה או חום גבוה מ-100 מעלות פרנהייט, מציעים במרכז לבקרת מחלות ולמניעתן טיפול אנטיביוטי. גם לחולים עם סינוסיטיס שנמשכת יותר מעשרה ימים, או שלושה ימים עם חום גבוה של יותר מ-102.2 מעלות פרנהייט, הפרשות מהאף וכאב בפנים, מציעים במכללה האמריקאית לרופאים לפנות לטיפול אנטיביוטי.
אנטיביוטיקה עשויה להיות מתאימה גם לטיפול במקרים של מחלה כפולה, שבאה לידי ביטוי בהחמרה במצב הבריאותי לאחר מספר ימים של שיפור ראשוני.
עבור חולים עם כאב גרון, ממליצים באגודה האמריקאית למחלות זיהומיות ליטול אנטיביוטיקה, כשהבדיקות לדלקת חיוביות. תסמינים שמצביעים על כאב גרון שנגרם כתוצאה מנגיף, כגון שיעול, נזלת וקול צרוד, אינו דורש אנטיביוטיקה. ברוב הזיהומים בדרכי הנשימה, כולל בהצטננות, אין לטפל באנטיביוטיקה. התעטשות, נזלת, כאב גרון, שיעול, חום במידה נמוכה וכאב ראש שמלווים הצטננות, לא ישתפרו באמצעות טיפול אנטיביוטי. 
זה נכון גם עבור רוב המקרים של סינוסיטיס, ברונכיטיס בדרגה חריפה וברוב המקרים של כאבי גרון. אך מרשם אנטיביוטיקה לטיפול בזיהומים ויראליים אינו הולם. עם זאת, רופאים רבים רושמים אנטיביוטיקה לזיהומים ויראליים, כאשר מדובר ביותר מ-150 מיליון מרשמים כאלה בשנה. רבע עד מחצית ממרשמים אלה כנראה לא הולמים.
מרשמים כאלה גוררים עלויות מיותרות, תופעות לוואי וגורמים למגבירים את העמידות של חיידקים לאנטיביוטיקה. מכאן, חשוב ליטול אנטיביוטיקה רק לשם טיפול בזיהומים שדורשים אותה.
