
ג'קסון היה מתלמידיו הבולטים של מרטין לותר קינג ועלה לתודעה הציבורית בשנות ה-60 כפעיל מרכזי בתנועת זכויות האזרח. הוא השתתף בצעדות סלמה למונטגומרי בשנת 1965, ובסביבתו סיפרו כי בלט כבר אז ביכולת הנהגה ובנוכחות חזקה בשטח. לאורך השנים הפך לאחד הקולות המזוהים ביותר עם המאבק נגד גזענות ובעד שוויון זכויות לאפרו-אמריקנים.

ג'סי ג'קסון, אחד מפעילי זכויות האזרח הבולטים ביותר בהיסטוריה האמריקאית, הלך לעולמו
בהודעת המשפחה נמסר כי ג'קסון הקדיש את חייו לא רק למשפחתו, אלא גם למדוכאים ולמי שקולם לא נשמע ברחבי העולם. "שיתפנו אותו עם העולם, ובתמורה העולם הפך לחלק מהמשפחה המורחבת שלנו", נכתב. בני המשפחה הוסיפו כי אמונתו בצדק, בשוויון ובאהבה העניקה השראה למיליונים, וביקשו לכבד את זכרו בהמשך המאבק למען הערכים שבהם האמין.
בשנת 1971 הקים את ארגון Operation PUSH, שנועד לקדם צדק חברתי וזכויות אזרח. הארגון הפעיל לחץ על פוליטיקאים וחברות מסחריות במטרה להרחיב הזדמנויות כלכליות לשחורים ולאוכלוסיות מוחלשות מכל הרקעים. באמצעות חרמות ואיומים בחרם הצליח להשיג זיכיונות, חוזים ומקומות עבודה לבני מיעוטים. בשנת 1984 ייסד את קואליציית הקשת, שפעלה לקידום שוויון זכויות לאפרו-אמריקנים, נשים ולהט"ב, ובהמשך אוחדו שני הגופים תחת Rainbow/PUSH Coalition.
ג'קסון התמודד פעמיים על מועמדות המפלגה הדמוקרטית לנשיאות ארצות הברית, בשנים 1984 ו-1988. הוא היה המועמד האפרו-אמריקני השלישי שהתמודד מטעם מפלגה גדולה. במרוץ הראשון גרף יותר מ-18% מקולות הפריימריז וזכה במספר מדינות. במרוץ השני השיג 6.9 מיליון קולות וניצח ב-11 מדינות, תוצאה שהפתיעה רבים בזירה הפוליטית האמריקנית.

ג'סי ג'קסון לצד מרטין לותר קינג
פעילותו חרגה מגבולות ארצות הברית. בשנות ה-80 פעל לשחרור טייס אמריקני שהוחזק בסוריה וניהל מגעים בקובה לשחרור 22 אמריקנים. ערב מלחמת המפרץ הראשונה נסע לעיראק בניסיון להביא לשחרור אזרחים אמריקנים ובריטים שהוחזקו כבני ערובה. בשנת 1997 שימש שליח מיוחד של הנשיא ביל קלינטון בקניה לקידום בחירות חופשיות, ובהמשך היה מעורב במגעים לשחרור שלושה שבויי מלחמה שנתפסו בגבול מקדוניה במהלך מלחמת קוסובו.
בשנת 2000 העניק לו הנשיא קלינטון את מדליית החירות הנשיאותית. בשנים האחרונות התמודד ג'קסון עם מחלת פרקינסון, שעליה סיפר בשנת 2017, וכן עם מחלה נוירולוגית בשם PSP שפגעה בהליכה, בשיווי המשקל ובבליעה. הוא אושפז בשנת 2021 לאחר שנדבק בקורונה ובהמשך בעקבות נפילה בזמן שהשתתף במחאה באוניברסיטת הווארד.
בהודעת המשפחה נכתב כי אמונתו בצדק ובשוויון העניקה השראה לרבים, והם ביקשו להמשיך לפעול למען הערכים שבהם האמין. ג'קסון הותיר אחריו את רעייתו ז'קלין בראון, עמה היה נשוי יותר מ-60 שנה, ושישה ילדים.