לפי דיווח שפורסם ביום חמישי ב'הגארדיאן', מדובר במתמחה לא בשכר שעבדה תחתיו בשנת 2009, כשהייתה בשנות ה־20 לחייה. היא טוענת כי חאן נגע בה בניגוד לרצונה, נהג להפגין כלפיה התנהגות כפויה והצדיק את מעשיו כחלק מ"חונכות מקצועית". לדבריה, הייתה זו "מתקפה מתמשכת" שחצתה גבולות ברורים ביחסי מרות.
חאן דחה את ההאשמות ואמר כי "מעולם לא היה מעורב בהתנהגות בלתי נאותה מכל סוג שהוא". עם פתיחת הבדיקה על ידי גוף פיקוח של האו"ם, הוא החליט לפרוש זמנית מהתפקיד. תלונה ראשונה נגדו נחשפה כבר מוקדם יותר השנה מצד עובדת אחרת בבית הדין, בשנות ה־30 לחייה, שטענה כי בין 2023 ל־2024 הופעלה עליה "לחץ מתמשך" מצד חאן, בעת שעבדה ישירות תחתיו. בעקבות אותה תלונה לקח חאן חופשה, וסמכותו הועברה זמנית לסגניו.
התובע הראשי של האג קארים חאן
האשמות נגד חאן מגיעות בתקופה רגישה במיוחד, גם מבחינה פוליטית. בנובמבר 2024, כאמור, בית הדין פרסם צווי מעצר נגד ראש הממשלה נתניהו ושר הביטחון דאז גלנט, באשמת פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות במהלך העימות בעזה. הצווים עוררו זעם בישראל וביקורת חריפה מצד ארצות הברית. חוקרים משפטיים ציינו כי מדינות החתומות על אמנת רומא מחויבות לאכוף את הצווים - מה שיצר מתיחות דיפלומטית חריגה.
למרות הלחצים הבינלאומיים, חאן המשיך לפעול. במאי 2025 ביקש להוציא צווים נוספים נגד השרים איתמר בן גביר ובצלאל סמוטריץ' בגין מדיניות ההתנחלויות. הצעד נתפס כהסלמה של ממש והוביל לחשש ממענה תקיף מצד וושינגטון. באותה תקופה פורסמו גם טענות כי ישראל הפעילה מבצעי ביון נגד חאן ונגד קודמתו בתפקיד, פאטו בנסודה, כחלק ממאמץ לפגוע באמינות בית הדין. לפי הדיווחים, גורמים בשב"כ ובמוסד ניסו לאסוף מידע אישי ולפקח על בכירים בבית הדין, כולל ניסיונות הפחדה של עובדים. במקביל, ועדת משפטנים בינלאומית בראשות עורכת הדין אמל קלוני יצאה להגנתו של חאן והביעה תמיכה מלאה בפעולותיו המשפטיות.
תומכיו של חאן טוענים כעת שההאשמות נגדו מתוזמנות, אולי כחלק ממאמץ לפגוע בו נוכח החלטותיו בנושא ישראל. עורכי דינו מסרו כי בידיהם ראיות המטילות ספק במהימנות התלונות. מנגד, גורמים בבית הדין הבהירו שאין כל סימן לכך שהתלונות הומצאו או נועדו לניגוח פוליטי, גם אם ייתכן שגורמים חיצוניים מבקשים לנצל את המצב.
חקירת האו"ם בנושא נמשכת, ובסיומה יועברו ממצאיה לבחינה של מומחים משפטיים. אם יתברר שחאן אכן פעל שלא כשורה, חברות בית הדין הפלילי הבינלאומי עשויות להידרש להצביע על הדחתו – מהלך חסר תקדים במוסד האחראי על פשעים חמורים בזירה הבינלאומית.
לפי דיווח שפורסם מוקדם יותר השנה ב'ג'רוזלם פוסט', חאן האיץ את הוצאת צווי המעצר נגד בכירי ישראל מתוך כוונה ללחוץ על המערב לגנות את מדיניות נתניהו בעזה. גורמים דיפלומטיים העריכו כי הוא קיווה שתזמון ההכרזה יגביר את הלחץ הבינלאומי. ההודעה על הצווים פורסמה ימים ספורים לאחר חשיפת ההאשמות הראשונות נגדו, מה שהוביל להשערות כי מדובר בניסיון להסיט את תשומת הלב מהסתבכותו האישית.