ב־9 ביולי נעצר לי בנמל התעופה ג’ורג’ בוש בעיר, רגע לפני שעלה לטיסה חזרה לסין. על מחשב הנייד שלו נמצאו קבצים סודיים שכללו נתונים מדעיים שטרם פורסמו, רשומות רפואיות חסויות ושרטוטים הקשורים למחקר. על פי מסמכי בית המשפט, ימים ספורים קודם לכן, ב־1 ביולי, התפטר לי במפתיע מתפקידו, והעלה את המידע הרגיש לשרת בסין.
החקירה העלתה כי לי לא הסתפק בהעלאת הנתונים לחשבון Google Drive פרטי, אלא העביר אותם גם לחשבון ענן סיני בשם Baidu. עוד התברר כי במקביל לעבודתו בארה״ב, ניהל מחקר נוסף עבור אוניברסיטת צ’ונגצ’ינג בסין, מבלי לדווח על כך או להצהיר על ניגוד העניינים – אף על פי שחתם על מסמך רשמי שבו התחייב שאין לו קשרי מימון זרים.
התובע המחוזי שון טיר מסר בהצהרה כי "יוסטון מתגאה בכך שהיא ביתם של כמה מהמוסדות הרפואיים החדשניים בעולם, שמצילים חיים מדי יום. לא תהיה סובלנות כלפי ניסיונות לפגוע ביכולת שלנו להוביל פריצות דרך קריטיות”. לדבריו, "הקניין הרוחני הזה נשאר אצלנו – כדי שנוכל להציל חיים".
לפי מסמכי בית המשפט, לי טען בחקירה כי לקח את החומרים משום שהרגיש שהמחקר "מבוזבז" וכי הייתה לו "הזכות" לשמור עליו. כעת הוא מואשם בגניבת סודות מסחריים ובשיבוש מסמכים ממשלתיים – עבירות שעשויות להוביל לעד עשר שנות מאסר וקנסות כבדים. הרשויות ציינו כי ייתכן שיוגשו נגדו גם כתבי אישום פדרליים נוספים.
לי שוחרר בערבות של 5,100 דולר ונדרש להפקיד את דרכונו עד להמשך ההליכים המשפטיים נגדו.