המעצר התבצע רגעים לאחר הנחיתה, בזמן שהנוסעים עוד ישבו במקומותיהם. נוסעים שתיעדו את רגעי הדרמה סיפרו כי קבוצה של אנשי אכיפת חוק עם תגי זיהוי, אפודים וסמלים של סוכנויות שונות נעה במהירות במעבר לעבר תא הטייס. "לא היה ברור אם מדובר בפשע, בבריחה או משהו אחר", סיפרה נוסעת לעיתון San Francisco Chronicle. נוסעים אחרים תיארו את הסצנה כ"מטלטלת" ו"מבלבלת", כשאיש לא הבין מה מתרחש.
רוסתום בהגוואגר, טייס המשנה שנעצר עם הנחיתה בשדה התעופה בסן פרנסיסקו
גם חברי צוות הטיסה לא היו מודעים לחקירה המתנהלת נגד עמיתם. הטייס הראשי נראה בתמונה שפורסמה באתר התעופה View from the Wing מביט בהתרחשות המוזרה מתוך הקוקפיט, ובהמשך אמר לנוסעים כי "אין לו מושג מה קרה עכשיו".
המעצר בוצע בעקבות חקירה שנמשכת מאז אפריל האחרון, אז התקבלה תלונה במחוז קונטרה קוסטה על עבירות מין שביצע לכאורה בהגוואגר בקטינה. על פי דיווחים בארצות הברית, מדובר בעבירות שבוצעו לאורך שנים, כשהייתה בת שש עד 11, בזמן שבוהגוואגר היה בזוגיות עם אמה של הילדה. לפי הדיווח של רשת Fox KTVU, הקורבן אף העידה כי אמה הייתה לעיתים נוכחת במעשים.
נגד בהגוואגר הוצא צו מעצר מסוג Ramey – המאפשר לבצע מעצר לפני שהוגש כתב אישום רשמי. הרשויות הצליחו לאתר את מיקומו המדויק בטיסת דלתא שנחתה בסן פרנסיסקו, ותיאמו את המעצר מול הסוכנות הפדרלית HSI, שהעניקה גישה למטוס.
בהגוואגר הועבר למעצר בכלא המחוזי של מרטינז, שם הוא מוחזק בערבות של חמישה מיליון דולר. הוא נאשם בחמישה סעיפים של ביצוע מין אוראלי בקטינה מתחת לגיל עשר.
בתגובה למעצר, דובר דלתא מסר ביום שני: "לדלתא אין סובלנות כלפי התנהגות בלתי חוקית. אנו מזועזעים מהדיווחים בנוגע להאשמות נגד העובד, והוא הושעה עד להשלמת החקירה. החברה משתפת פעולה מלאה עם רשויות החוק".