לפי פרטים שלא פורסמו עד כה, פטריק וויבר, יועץ בכיר של הגסת הנחשב לבעל אמונ של הנשיא דונלד טראמפ ושותף של סגן הרמטכ"ל של הבית הלבן סטיבן מילר, התלונן לפקידי הבית הלבן באביב שהוא עלול להיות מכוון לבדיקת פוליגרף. האפשרות הכעיסה את וויבר, איש הגירה נוקשה שנתפס במנהל כחייל רגלי נאמן לטראמפ.
ההתערבות של הבית הלבן הגיעה בצורת שיחת טלפון של אדם הקרוב למנהל, לאחר שהצוות של הגסת החל לבצע בדיקות פוליגרף לאנשים בסביבת שר הביטחון באפריל. השיחה הוביל להפסקת המבצע שהתבצע במשך מספר שבועות באישור הגסת ובייעוץ של טים פרלטורה, שכיהן הן כעורך דינו הפרטי של הגסת והן כעוזר צבאי במשרה חלקית בצוותו.
עד להפסקת המבצע, בוצעו מספר בדיקות במשך מספר שבועות בקרב חברי הקבוצה המייעצת הבין-שירותית המשותפת, צוות במשרדו הקדמי של הגסת שהוקם לבחון כיצד להתמודד עם קרטלי הסמים ולהגביר את הביטחון בגבול הדרומי. הצוות כולל חיילים רבים מיחידות מיוחדות ונציגים מסוכנויות ממשלתיות אחרות, כולל ה-FBI.
הפנטגון סירב להגיב ישירות לדיווח על בדיקות הפוליגרף. "המחלקה לא תגיב על חקירה מתמשכת", אמר הדובר שון פרנל בהצהרה כתובה. "האובססיה של התקשורת המזויפת לרכילות במקום העבודה בן חודשים היא השתקפות של המצב העצוב והפתטי של 'העיתונות' בוושינגטון"
קולונל ריקי בוריה, עוזר צבאי שהגסת הפך מאז ליועץ בכיר, גם עבר בדיקת פוליגרף וקיבל תוצאות לא חד משמעיות, כפי שדיווח לראשונה הגרדיאן. הוא הגיש ניירת לפרישה מחיל הנחתים ולהפוך למנוי פוליטי באפריל.
בדיקות גם כוונו על ידי הגסת נגד אחרים, כולל שני קצינים צבאיים בכירים: אדמירל חיל הים כריסטופר גרדי, סגן יו"ר המטכ"ל המשותף, והגנרל של צבא ארה"ב דאגלס סימס, מנהל המטכ"ל המשותף. האיומים הללו דווחו לראשונה בוול סטריט ג'רנל.
הגסת החליט מאוחר יותר לעקוף את קידומו של סימס לגנרל בעל ארבעة כוכבים, למרות תוכנית קודמת לעשות זאת והתערבות של הגנרל דן קיין, שהוא יו"ר המטכ"ל המשותף, ופקידי פנטגון בכירים אחרים. ההחלטה הזו, שדווחה לראשונה בניו יורק טיימס בשבת, הרגיזה מספר קצינים בכירים שחשבו שסימס פעל באופן לא פוליטי וראוי ליחס טוב יותר.
הפנטגון סירב להגיב ישירות לדיווח על בדיקות הפוליגרף. "המחלקה לא תגיב על חקירה מתמשכת", אמר הדובר שון פרנל בהצהרה כתובה. "האובססיה של התקשורת המזויפת לרכילות במקום העבודה בן חודשים היא השתקפות של המצב העצוב והפתטי של 'העיתונות' בוושינגטון".
פרנל גם אמר שהגסת אסיר תודה לשנות השירות של סימס. "אנחנו מאחלים לו בהצלחה במאמציו העתידיים", אמר.
הבית הלבן הפנה שאלות בעניין לפנטגון. וויבר ובוריה לא הגיבו לבקשות לתגובה, בעוד פרלטורה סירב להגיב.
הפוליגרפים הגיעו במהלך תקופה של מהפכה עצומה במעגל הפנימי של הגסת שכללה את פיטוריהם של שלושה מנויים בכירים בפנטגון באפריל והאשמתם בדליפה לתקשורת. העוזרים - דן קלדוול, קולין קרול ודרין סלניק - חלקו על כך והאשימו את הפנטגון בהשמצתם. צוות הגסת לא הציג ראיות לגיבוי טענותיו.
חקירת הדליפות החלה במרץ עם מזכר מג'ו קספר, שהיה אז הרמטכ"ל של הגסת, שאמר ש"גילויים לא מורשים של מידע ביטחון לאומי" דרשו "חקירה יסודית".
"השימוש בפוליגרפים בביצוע החקירה הזו יהיה בהתאם לחוק ולמדיניות הרלבנטיים", כתב קספר במזכר מ-21 במרץ. החקירה תגיע "לשיא בדוח לשר הביטחון" ו"תכלול רשומה מלאה של גילויים לא מורשים במשרד הביטחון והמלצות לשיפור מאמצים כאלה".
המהומה הוחמרה ימים ספורים מאוחר יותר על ידי פרשת "סיגנלגייט", שבה הגסת ופקידי ביטחון לאומי בכירים אחרים דנו במסע הפצצות עתידי נגד מיליטנטים חותים בתימן בהודעת צ'אט קבוצתי לא מסווגת שכללה בטעות עורך ממגזין האטלנטיק.
תפקידו של הגסת בעניין סיגנלגייט הפך לשנוי במחלוקת במיוחד, שכן דיווחו על תכנון התקיפה, שפורסם באפליקציה הלא מסווגת, שיתף מידע מפורט על הפעולה לפני שהחלה.
המנהל אמר שוב ושוב שאף אחד מהמידע לא היה מסווג. אבל עדים אמרו מאוחר יותר למשרד המפקח הכללי של משרד הביטחון כחלק מהחקירה המתמשכת שלו שהפרטים המבצעיים שהושתפו נלקחו מאימייל מסווג המסומן "SECRET/NOFORN", כלומר שחרור המידע לציבור נחשב בעל פוטנציאל מזיק לביטחון הלאומי ולא צריך לכלול פקידים זרים.
קספר עזב מרצונו את תפקידו כהרמטכ"ל באפריל לאחר חודשים של מאבקים פנימיים בין הצוות הבכיר של הגסת, ועבר למגזר הפרטי ותפקיד פנטגון במשרה חלקית כעובד ממשלתי מיוחד.