החקירה נגד ברנן נפתחה בעקבות הפניה שהעביר ראש ה־CIA הנוכחי, ג'ון רטקליף, ל־FBI. לפי הדיווחים, החשד המרכזי הוא שברנן מסר עדות שקר לקונגרס, אך ייתכן שהבדיקה עוסקת גם בנושאים נוספים. בין היתר, הוא נמנה עם 51 בכירי מודיעין לשעבר שחתמו על מכתב שטען, באופן שגוי, כי הלפטופ של האנטר ביידן עשוי להיות תוצר של תעמולה רוסית.
החשדות מקבלים חיזוק נוסף בעקבות דוח פנימי שפרסמה לאחרונה סוכנות הביון האמריקנית. הדוח ביקר בחריפות את תהליך ניסוח מסקנות קהילת המודיעין על ההתערבות הרוסית בבחירות, וטען כי ברנן, קומי וראש המודיעין הלאומי דאז, ג'יימס קלאפר, היו מעורבים יתר על המידה – ולחצו להכליל את "מסמך סטיל", מסמך בעייתי שהכיל טענות לא מבוססות נגד טראמפ, במסקנות הסופיות.
המסמך המדובר נכתב על ידי הסוכן הבריטי לשעבר כריסטופר סטיל, בהזמנת חברת Fusion GPS – ששכרה אותו מטעם מטה הבחירות של הילרי קלינטון. למרות התנגדות של מומחי רוסיה בתוך ה־CIA, שציינו כי החומר "לא עומד אפילו בסטנדרטים הבסיסיים", ברנן התעקש להכניס את המסמך לדוח. גם קומי דרש את הכללתו, ואף הבהיר כי שיתוף הפעולה של ה־FBI תלוי בכך.
ראש ה־CIA לשעבר ג'ון ברנן (ימין) וראש ה־FBI לשעבר ג'יימס קומי (שמאל)
למרות זאת, ברנן טען בעדותו ב־2017 כי "מסמך סטיל לא שימש בסיס להערכת המודיעין", ושלא נכלל כלל במאגרי המידע. אלא שבשימוע נוסף בשנת 2023, בעדות סגורה, הוא שינה את גרסתו וטען שה־CIA דווקא התנגד לדוח של סטיל, ושלכן שלחו אותו "בנפרד". הדברים סותרים עדויות קודמות ומתועדים בתכתובות פנימיות שמחזקות את האפשרות כי ברנן עלול להיחשף לכתב אישום בגין עדות שקר.
"הם החליטו להפיל את טראמפ, בכל מחיר", אמר רטקליף בראיון ל־New York Post, כשהוא מתייחס לאובמה, ברנן, קומי וקלאפר. הדוח של ה־CIA תומך בטענה שמדובר היה במהלך פוליטי מובהק: הוא קובע כי הדוח הסופי נכתב בלחץ של זמן, רגע לפני חילופי השלטון, תוך הדחות של אנשי מקצוע, הדלפות לתקשורת – ואימוץ נרטיב שלא הוכח מעולם.