לאורך השנים, בונדי קראה לפרק את חקירת התובע המיוחד בפרשת ההתערבות הרוסית בבחירות 2016, הגדירה את ההדחה הראשונה של טראמפ ב-2019 כ"הונאה"

הקשר בין בונדי לטראמפ מעורר ביקורת עוד מתקופת כהונתה כתובעת הכללית של פלורידה. ב-2013 קיבלה תרומה של 25,000 דולר מטראמפ לוועדת הפעולה הפוליטית שלה, בזמן שבחנה אם פלורידה צריכה להצטרף לתביעה נגד Trump University. בסופו של דבר החליטה שלא להצטרף לתביעה, והסבירה כי "לעולם לא אתן לכסף מאף אחד להשפיע על מה שאני עושה."

דייב ארונברג, התובע המחוזי של מחוז פאלם ביץ' בפלורידה, טוען כי בונדי תהיה טובה יותר למשרד המשפטים מאשר גייטס, שאיים לפרק את ה-FBI. "היא אינה פוליטיקאית חסרת ניסיון," אמר ארונברג. "היא לא לוקחת את התפקיד כדי להרוס את משרד המשפטים כפי שגייטס הבטיח לעשות."

עם זאת, מומחים מזהירים כי נאמנותה לטראמפ עלולה להשפיע על החלטותיה. על פי דיווחים, טראמפ מתכנן לפטר את צוות התובע המיוחד ג'ק סמית' ולהקים צוותי חקירה במשרד המשפטים לחיפוש ראיות להונאה בבחירות 2020.

"התקווה הטובה ביותר היא שהיא תמשיך את עבודתה הקודמת כתובעת מקומית ומדינתית של חוק וסדר ברמה הפדרלית והלאומית," אמר אנתוני אלפיירי, פרופסור למשפטים באוניברסיטת מיאמי. "החשש הוא שמחויבותה לחוק וסדר תהיה מוטה על ידי העדיפויות הפוליטיות של ממשל טראמפ."

בונדי מגיעה לתפקיד גם עם רקורד של מחלוקות נוספות, כולל התנגדותה לנישואים חד-מיניים ולגליזציה של מריחואנה רפואית בפלורידה. אחיה, בראד בונדי, הוא עורך דין שייצג את טסלה בתביעת הונאה של הרשות לניירות ערך נגד אילון מאסק, תומך בולט של טראמפ שמונה להוביל צוות ייעוץ חיצוני לארגון מחדש של הביורוקרטיה הפדרלית.

טראמפ, בהכרזה על מינויה של בונדי, שיבח את הרקורד שלה ואמר כי היא "תמקד מחדש את משרד המשפטים למטרתו המיועדת של לחימה בפשיעה." דובר צוות המעבר של טראמפ הוסיף כי בונדי "מצפה לתהליך האישור ולענות על כל שאלה שתהיה לסנאטורים."